法人を経営していると、利益に関係なく固定でかかる税金があります。

具体的には、法人県民税と法人事業税です。

資本金が1000万円以下であれば、

法人県民税が21,000円。愛知県であれば、愛知県に納めます。
法人市民税が50,000円。事業所がある市役所に納めます。

では・・・

本店が愛知県にある(住所だけ)が、岐阜県にお店を作った
場合どうなるか?

本店は営業しておらず、登記簿上の住所だけ。というケースです。

このときは、法人の異動届を愛知県と市役所に提出し、
本店は登記簿上の住所のみですよ。営業所は岐阜県●●市に設置しますよ。

とすれば、愛知県内での税金は発生しなくなり、
岐阜県へのみ納税すればよくなります。

均等割りを愛知県と岐阜県へ2か所へ払う必要はありません。